Film, 16. yüzyıl İspanya'sında yaşayan iki dolandırıcı arkadaş olan Miguel ve Tulio'nun maceralarını konu alır. Bir zar oyununda, efsanevi altın şehir El Dorado'nun yerini gösteren bir harita kazanırlar. Ancak planları ters gider ve kendilerini ünlü konkistador Hernán Cortés'in gemisinde bulurlar. Cortés'in esaretinden kaçmayı başardıktan sonra, haritayı takip ederek gizemli El Dorado şehrine ulaşırlar.
Şehre vardıklarında, El Dorado halkı ve Baş Rahip Tzekel-Kan tarafından yanlışlıkla tanrı zannedilirler. Bu durum, onlara hayatlarında hiç sahip olmadıkları bir lüks ve güç sunar. Miguel ve Tulio, bu durumu kendi çıkarları için kullanmaya çalışırken, aynı zamanda şehrin güzel yerlisi Chel'in yardımıyla El Dorado'nun sırlarını ve tehlikelerini de keşfederler. Film, ikilinin sahtekarlıklarını sürdürme çabaları, dostlukları, aşk ve altın arasındaki seçimleri etrafında döner.